Jusqu’à présent les Archives d'Alsace n’ont pas mené de collecte systématique de ces fonds et accueillent au cas par cas les archives qui leur sont confiées par les paroisses et leurs institutions de tutelle, aujourd’hui l’archevêché de Strasbourg et l’union des églises protestantes d’Alsace et de Lorraine.
La sous-série 2 G accueille les archives des paroisses, quelle que soit la date des archives. Les documents reflètent l’activité des paroisses mais aussi des anciens consistoires protestants. Les fonds, toujours riches et variés, s’étendent du Moyen Age à nos jours, mais la majeure partie couvre plutôt le XIXe et la première moitié du XXe siècle. Les archives illustrent surtout l’histoire temporelle des paroisses (titres immobiliers anciens, budgets et comptes de fabrique, travaux sur les édifices du culte) ; elles sont complétées par des collections de registres paroissiaux et des délibérations des fabriques. Les Archives d'Alsace encouragent le versement d’archives plus représentatives de la vie spirituelle des paroisses, comme les registres des communions et confirmations, les papiers des confréries et congrégations, les livres des publications, des fondations, les listes de paroissiens, les chroniques paroissiales. Cette sous-série s’accroît chaque année de nouveaux fonds, confiés directement par les paroisses catholiques et protestantes.
Les sous-séries 2 E et 3 E renferment la collection bien connue des généalogistes, des registres paroissiaux et des chapitres ruraux bas-rhinois, tenus par les paroisses (XVIe siècle-1792).
Ces archives sont complétées avant la Révolution française, par des documents produits depuis le Moyen Age, par les établissements religieux séculiers, principalement l’évêché de Strasbourg (série G) et les établissements religieux réguliers, abbayes et couvents (série H).
Les institutions centrales des Eglises d’Alsace ont confié peu à peu leurs archives postérieures à la Révolution française :
- Eglise catholique, fonds de l’évêché :
sous-séries 1 V (1802-1887) et 1 VP (XVIIIe siècle-1933),
sous-série 190 AL (budgets et comptes paroissiaux, 1869-1936) ; - Eglises protestantes :
directoire des églises d’Alsace-Lorraine de la confession d'Augsbourg (sous-série 2 V, 1800-1870, sous-série 172 AL, 1789-1970) ;
église réformée d’Alsace-Lorraine (sous-série 173 AL, 1870-1940).
Les institutions israélites ont versé en 2018 les archives historiques du Consistoire israélite du Bas-Rhin et de la communauté israélite de Strasbourg (1804-2018), conservées désormais dans les sous-séries 2237 W et 2238 W. L’instrument de recherche regroupe les deux ensembles d’archives.
Les archives des établissements réguliers sont en revanche privées et ne relèvent donc pas de cette rubrique.