La répression pénale donne lieu à plusieurs vagues de procès à grand spectacle.
Les tribunaux d’exception (Malefitzgerichte) condamnent à mort des dizaines d’accusés, dont une bonne cinquantaine à Ensisheim, sans compter les exécutions sommaires ; ils ordonnent des châtiments corporels et des bannissements.
Pour évaluer les responsabilités, il a fallu procéder à des enquêtes ; la plus complète est faite par les autorités lorraines et porte sur près de 2 000 personnes.
Les autorités imposent un nouveau serment aux communautés et leur infligent de lourdes amendes. Le volet administratif de la répression est préparé par la préfecture impériale de Haguenau, en Haute-Alsace.
Des mesures complémentaires encadrent la convivialité paysanne (fêtes, réunions, danse, musique…), le port d’arme et certains usages.
